《我的团长我的团》有两个结尾，这里说的两个，一个是电视剧的，另一个便是小说的。
电视剧的结局只拍到了小说的一大半，也就是南天门树堡一战结束以后，电视剧也就大结局了。
电视剧中的大结局是南天门坚守树堡，此战之前，李乌拉，要麻，康丫等相继死在了缅甸，兽医也被对岸日军火炮击中牺牲。
到了南天门后，为打通进入树堡的通道，需要火力掩护，豆饼便一人扛着马克沁，充当了迷龙的马克沁的“枪架”，最后由于强后坐力内脏被震坏，手被烫焦了，口吐瘀血，没走几步掉进了山崖下日军布的雷区，触发了地雷……
川军团到了树堡之后，原本计划的坚守三小时却迟迟没等到援军，阿译将带领的第二梯队人员遣回东岸后，自己一人上了南天门与大家汇合。
日军对树堡里的川军团发起猛烈的进攻，对岸虞啸卿却等到的是上峰“攻击立止”的命令，仍然没有发起配合川军团的进攻。川军团只得拼死坚守，一天又一天。
大胡子崔勇为抢空投下来的给养，跑出树堡外被打死。
美国人老麦被摸上来的日军活捉，绑在十字架上做挡箭牌，向树堡逼近，团长在老麦的哀求下迫不得已向他开了炮。
蛇屁股也被逼近的日军活捉了，最终在无能力解救他的情况下，他拉响手榴弹与敌人同归于尽。
何书光背着喷火器向密集的日军喷射的时候，被日军打中而死。
张立宪为了瞄准逃跑的日军，脱下防毒面罩，使得他的面部中毒溃疡而“破相”，在经历了坚守树堡之后，他的信仰虞啸卿迟迟没有到来，他攒足了失望，失去了信仰而开枪自杀。
原本的3小时，在坚守了足足38天后，在一个大雾天，援军终于到来，此时他们只是奄奄一息了。能够从树堡出来的只剩下团长，孟烦了，阿译，董刀，不辣和迷龙……
此时，虞啸卿早已命人修好了过江的桥，正在桥头等着他们回去……
电视剧到此结束，没有拍摄后面内战部分。
而原著小说到此却没有结束，南天门一战之后不久，日军发起猛烈的报复，派出敌机对禅达进行轰炸，迷龙失手打死一名不还击的炮手，而这名炮手正是高层的侄子，高层自然不会放过迷龙，要求迷龙投案，团长不忍心迷龙交到他们手上折磨，便亲手枪决了迷龙。
之后迷龙老婆为给丈夫报仇，多次对团长下手没有得逞，最后无可奈何，领着雷宝北上，再无音讯。
不辣在南天门一战中脚受了伤，被接到野战医院治疗，后来随部队西征开拔，在途中被当做残兵抛弃，最后靠着一根木棍一条腿蹦着回了湖南。
而团长龙文章，南天门下来以后，想解散川军团，拒绝打内战，他对虞啸卿等人说:我们打不赢的。这样的团长，军部高层自然不会放过他，他被扣上了共党的帽子，被判了死刑，行刑前选择自杀。
而之前没有上南天门的克虏伯，被编为团长的行刑队，在团长自杀后，追随团长而去，也自杀了。
此时，曾经的少校林译也变成了上校林译，他有了自己的一支部队，内战中遇到孟烦了，被已经是解放军的孟烦了劝降，以后饮弹自尽。之前他说过如果我能成为他（指团长龙文章）那样的人，吾宁死乎！到此，他已经成为了那样的人。
而小太爷孟烦了，在团长死了之后继续在战场上去与解放军战斗，最后被俘，编入七连，后来解甲归田。
小说中的张立宪并没有死，后来也升了上校团长，与解放军拼杀，之后被孟烦了劝降，回到禅达，与小醉在一起了。
电视剧的最后一幕的现代生活，在小说里是没有的。至此《我的团长我的团》也就大结局了。
要说如何评价这部剧，我认为是至今为止最好的一部抗战剧。
这部剧没有跟其他的抗战剧一样，把政治说教摆在最明显的台面上，也没有像神剧一样的开挂人物，雷人剧情。演员演技在线，道具用心，难得的一部良心剧。
它表现的是当时卫国战争中的各类小人物的“岂曰无衣，与子同袍”的抗战精神，它表现的小人物的家与国的悲壮情怀，乃是我们中华民族历尽外敌蹂躏而能浴火重生之根本所在。
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