这是一个关于动物的故事。
影片以第一部最后留下的线索展开来，人类遭遇了罕见的流行病，暂且叫猿流感，导致一半人类死亡。十年间，繁华的旧金山已然是一片狼藉，剩下为数不多的自然选择留下的具有免疫的人类。相反猿类种群在迅速地扩大，这是一群经过人类改造的高智商猴子及其后代，并且在特高智商猴子凯撒的带领下，社会生产水平不断的提升，猴群学习了人类的社会规则，比如一夫一妻制，修山寨，写标语，修道路，雄性雌性不同的社会分工等等。特别当我看到石头墙上的那两句醒目标语：猿不杀猿;知识改变命运。忍不住笑，导演肯定是前二十年来过中国，产生的灵感。
能源已经耗尽，人类不得不深入到猿类生存区寻找能源。平静的双边次序被打乱了。凯撒的小儿子和他的小伙伴在丛林里玩耍，与来此探路的科考队碰头。受惊的人类小喽喽射杀了小皇子的小伙伴，凶神恶煞的御林军首领寇巴前来护驾，场面一度失控，凯撒赶到，众猴臣服。凯撒放了科考队。不过人类的出现和行为，唤醒了寇巴心里被平静生活所掩盖的愤怒和憎恨。小伙伴被人类残害，也让人类给小皇子留下了不好的印象，为日后被寇巴蛊惑造反埋下感情基础。
由于人类别无出路，只有找到水电站并修好使用，才有生存下去的可能。所以，人类科学家马尔科姆几次只身闯入凯撒的领地，试图表明自己的目的和境地，以求凯撒的允许。凯撒自幼受到付兰兰的悉心照顾，对人类一向很友好。这事就这么成了。御林军首领寇巴，难忘旧时被人类囚禁虐待的经历，始终对人类心存芥蒂。几次挑起众猴，要求凯撒处决人类。有一次甚至当面指责凯撒“爱人类不爱猿”，被凯撒一顿怒打。
从此，寇巴可能有了造反的念头，可他起来还是假装伸手求凯撒原谅。寇巴之后采取了一系列动作：对小皇子说，“凯撒对人类的好感已经到了糊涂的地步，我很担心他的安全”，蛊惑他帮助自己去清缴人类。私自去人类军火库探查，不巧被人类举枪威胁。狡猾的寇巴好一顿卖萌，逃过一劫。凯撒为了尽快让人类完成任务，派猴子去帮忙，果然效率惊人，第二天就通上了电，响起了音乐。由于人类女医生治好了凯撒夫人的病。人类小孩阿历山大和莫里斯猿就关于漫画有共同的语言，玩得不亦乐乎。凯撒一心想让猿类和人类和平相处，互不侵犯。凯撒领着马尔科姆登上高台，准备发表和平宣言。突然，寇巴拿着从人类那里夺来的机枪射杀了凯撒，并把凶手转嫁给人类。场面瞬间失控，猴群群起而激愤。寇巴一下子得到了说话权，带领着猴群冲进人类城市，打起了激烈的攻城战 。由于猴群先攻占了武器库，所以一部分猴子拥有了冲锋枪。这样，双方的武器对比被缩小了一点，但是人类这边依然占着武器的优势。人类的火箭弹着实让猴子们损失惨重，被炸得遍地尸体。寇巴英勇无畏的战场表现，猴群在数量和体格上的绝对优势，致使猴群们还是占据人类城市，把人类囚禁了起来。
由于马尔科姆一家高超的躲藏手段，使得他们逃过了寇巴的追杀。碰巧还看见了受伤未死的凯撒，人类救了他。凯撒被带到了城市，躲进了付兰兰的家。凯撒重回这个美好地方养伤。马尔科姆去给凯撒拿药治伤的途中偶遇小皇子，由于皇子刚刚亲眼看见寇巴把自己的好基友杀死以立威，此时他心在彷徨中，对寇巴的命令有所怠慢，举起的枪又放下了。就这样马尔科姆有机会把他带到凯撒的旁边。父子相见，好生煽情，在曾近的甜蜜窝回忆两天后。凯撒决定出去解决这场争端。他爬到了塔顶，准备和寇巴来了一场对决。强壮的凯撒由于大伤初愈，几度被虐。这时候，人类德里弗斯突然来了个董存瑞式炸碉堡，这一炸险些把大楼摧毁，结束一切。大楼剧烈摇晃，建筑废料满天飞，但终是没有倒塌。寇巴于乱石中捡到一把冲锋枪，激情地射杀凯撒和小皇子。皇子充当诱饵，凯撒称其不注意，扑倒了寇巴，使其挂在了高空中。结局就像很多好莱坞大片中大反派死法——高空坠落。
本集焦点主要集中在凯撒身上，使得情节略显缓慢和拖沓，没上一集那么紧凑。但本片延续的上一集细腻的感情刻画。凯撒拍着儿子的肩膀语重心长地教导他，“孩子，伤疤你使你成长”;深情地望着生病的夫人，搂着她等待着黎明的到来;最后到付兰兰家，看旧时的DV，适时地戳中泪点。战斗结束后，凯撒与马尔科姆头顶头深情相拥，至此这对跨种族的基友结下了深厚的感情。人类小孩亚历山大和金长毛猴莫里斯因为兴趣也结下了不解之缘。这些人性美好的闪光点，避免使影片变成冰冷的动作片。其实，深入推敲，此片虽然表面上是激烈的打斗，但是底下有深厚的戏剧基础。有人说看到沙翁的影子，我不置可否。单从凯撒和寇巴这对人物来看的确有点意思。在第一集中的不同处境导致凯撒和寇巴形成的迥然不同的性格特点，凯撒代表的是善，寇巴是恶。善恶对战，从古至今就是剧作家们所乐于探讨的。但片中由丢出一个问题就是环境能改变一个人(猴)的善恶吗。导演似乎不相信宿命论，转而把焦点集中在环境和经历。这样避免了电影主题被无限地泛化。在善恶的交锋中，人们总希望善能治恶。电影顺从了观众的心理，让凯撒中枪之后重新站起来，战胜寇巴。商业片适当发散即可，多说无益，导演组很明白这点。
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